U Osnovnoj školi Mrkopalj nastava je organizirana u 7 razrednih odjela, 6 čistih razrednih odjela i jednom kombiniranom odjelu I. I III. razreda.

Od 8.rujna 2014.g. nastava od I. do IV. razreda izvodi se u timskom obliku uz suglasnost nadležnog Ministarstva.

U Školi se odvijaju izborna nastava iz vjeronauka, njemačkog jezika i informatike.